1604年出生于辽东盖州卫，崇祯初为登州参将，毛文龙旧部。袁崇焕督师蓟辽，杀毛文龙，耿仲明被调隶山东巡抚孙元化麾下。1632年为孔有德内应，陷登州，自称总兵官。1633年春从孔有德渡海降后金。1636年被清朝政府封为怀顺王，隶汉军正黄旗；1644年随清兵入关后，镇压农民起义军；1649年改封靖南王，与吴三桂、尚可喜合称清初三藩，旋以匿逃人，惧罪自缢于进军广东途中的江西吉安。子耿继茂袭封，驻广州，又移福建。继茂卒后，继茂子耿精忠袭封，后随吴三桂叛清。