153年，黄琼67岁,黄琼升任司徒（相当于宰相）。
   （154年，黄琼68岁）调任太尉（全国最高军事长官），位居三公（司徒、司空、太尉），地位仅在皇帝之下，总揽军政大权。
   (155年，黄琼71岁) 黄琼执掌朝政，便削弱梁冀的势力，凡是通过梁冀走后门入朝的官员，他一个也不用，即使没有劣迹的，他也不予任命。梁冀则疯狂地进行反扑，借故将黄琼免职，任其亲信胡广为太尉。黄琼被免。复为太仆.(164年，延熹七年去世，享年79岁)。黄琼病情加重，但仍关心国家大事，一心系念朝廷。临死前他还向桓帝上疏，披肝历胆，陈不讳之言。他说所陈之言，如有万分之一的效果，他将死而无恨，含笑九泉。黄琼于这年逝世，封赠车骑将军，赐谥忠候。史称邟乡忠侯，敕葬江夏。四方名士前来送殡的达六七千人之多。
    黄琼三位夫人共生十四个儿子：元妻陈氏生四子：黄守亮（字子廉）、黄阁（字恩荣）、黄妥、黄储次夫人颜氏生六子：黄贱、黄明、黄恕、黄乾、黄缙、黄卿,三房李夫人生四子：黄孚贲、黄孚资、黄孚占(赞)、黄孚德。黄琬在《云梦谱》和兰州大学馆藏《黄氏世系表》均列为黄琼次子黄阁之子.