鄢懋卿是丰城人，原任官行人，后升为御史，逐渐升为大理寺少卿。嘉靖三十五年，改任左佥都御史，不久升任左副都御史。鄢懋卿以有才能自负，看到严嵩当权，便全心依附他，得到严嵩父子的亲近。当时正值户部因两浙、两淮、长芦、河东的盐政发生困难，请求派遣一名大臣前往总理盐政，严嵩于是任用了鄢懋卿。明朝旧制规定，大臣办理盐政，没有总理四盐运司的安排，这样一来鄢懋卿便全部掌握了全国财入货利的大权，倚仗严氏父子，所到之处鬻权纳贿，监司郡邑的官吏见他时都跪行蒲伏于地。
    鄢懋卿生性奢移，甚至用彩锦装饰厕所，用白银装饰便溺器皿。每年按时节送给严氏和诸位权贵的财物，不可胜计。他外出视察时，经常与妻子同行，专制成五彩舆，让十二个女子抬着，道路上人们看到无不惊骇。淳安知县海瑞，慈溪知县霍与瑕，都因对抗他被罢官而去。御史林润曾经弹劾鄢懋卿索要属吏，行贿送礼以钜万计，滥受民间诉讼，勒索富人贿赂，设置酒宴聚会，每年花费达千金，虐待杀戮无辜之人，怨声载道，苛敛淮南财物，几乎导至激变，共五大罪状。世宗置之不问。嘉靖四十年召授他为刑部右侍郎。两淮的余盐，每年征收白银六十万两，到鄢懋卿掌盐政时增加到一百万两。鄢懋卿离任后，巡盐御史徐旷竭力上言其害处，于是又恢复征收六十万两的旧制。
    严嵩倒台后，御史郑洛弹劾鄢懋卿和大理寺卿万采朋党为奸，贪财黩货，两人被免去职务。既而万采私藏严氏银八万两，鄢懋卿骗来其中二万两，事情都败露，两人被先后戍边。