克恭自幼聪慧好学，秉承家学，勤奋攻读，博览经史。元至元十二年（1275），由京师贡补工部令史。次年，迁授户部主事。至元二十四年（1287），官至监察御史。二十八年（1291），高克恭出任江浙省左右司郎中。他以刚直不阿，办事干练而为众臣称道。他体察民情，轻徭薄赋，“讲行良法，保固邦本”，深得民心。元大德元年（1297），高克恭迁山西、河北道廉访副使，改江南行台治书侍御史。