五十年代末以来，一直从事声学与信号处理研究，60年代他主持设计了中国第一台近岸综合声呐，积极推动在声呐中采用数字信号处理新技术，70年代主持研制成波束形成计算机等。80年代主持研制潜艇综合声纳。以上研究分别获得全国科学大会奖、科学院和国家科技进步一等奖等。八十-九十年代，任中国科学院秘书长期间致力于科技体制改革工作，促进我国高技术产业的建立和发展。九十年代中重返科研第一线，密切跟踪国际前沿技术，在我国积极倡导数字技术、宽带通信技术和信息消费电子产品。1994年在中科院声学所创办数字信号处理工程中心（DSP中心），专门从事数字消费电子产品，新型网络通信设备等技术的开发，并陆续开发出VCD, DVD, 数字电视因特网数据广播多功能机顶盒等多种产品。1997年起在国内率先倡导以宽带IP网络技术建设信息化的基础设施。1999年2月，他代表中国科学院等单位向国务院汇报实施"中国高速互联网示范工程"的建议，这一建议正式被国务院批准，成立中国网通公司进行建设和运营。侯自强近年来从事网络通信发展战略研究，发表系列论文，提出发展适合我国国情的宽带IP城域网、以太网接入网及新3G宽带无线移动互联网，推动了我国宽带网络的发展。 　　
    侯自强既是科学家又是成功的企业家，他创办的中国科健股份有限公司在深交所上市的第一家高科技企业也是中科院的第一家上市高科技公司。科健公司在80年代打破禁运开发生产出康发集成电路设计工作站装备国内设计部门，随后在医疗设备方面生产出了中国第一台核磁共振仪。98年侯自强抓住机会决定中国科健公司生产移动电话手机，99年科健手机在国内率先以自有品牌进入市场取得成功，成为国内主要手机生产厂商。