崇祯十三年（1640年）考取武进士，担任锦衣卫都指挥使。崇祯十七年（1644年）弘光帝，派他前往镇江防范清军，担任镇江总兵、镇海将军。弘光元年（1645年）郑鸿逵得知清军渡过长江，退往福建，中途于杭州遇见唐王朱聿键，一起回到福建。郑鸿逵打算以朱聿键继任南明皇帝，许多大臣认为应该先击败清军，再考虑即位之事；郑鸿逵表示不快点即位，会有其他人先行称帝。朱聿键因此被拥立为皇帝（隆武帝），郑鸿逵也因这项功劳，受封定虏侯，后来晋升定国公。不久，隆武帝命令郑鸿逵前往浙江进攻清军，郑鸿逵离开仙霞关没多远，就以等待补给为理由，不继续进军。隆武二年（1646年），鲁王朱以海政权被清军击败，郑鸿逵撤退，清军因此占领仙霞关。隆武帝得知消息，撤销郑鸿逵的爵位。十一月，郑芝龙决定投靠清朝，准备前往福州和贝勒博洛见面，郑鸿逵劝说郑芝龙退往海上，郑芝龙不接受。郑鸿逵只好率军前往金门，同时避免郑成功遭郑芝龙挟持，郑鸿逵暗中将他放走。

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